Месторождение полиметаллических руд Шалкия, является стратиформным, и залегает в породах фаменского яруса верхнего девона. В структурном плане, месторождение дислоцировано в опрокинутой синклинальной складке, осложненной тектоническими разломами. Вмещающие породы: переслаивающиеся алевролиты, аргилиты и доломиты. По традиционной классификации, месторождение отнесено ко II группе сложности, исходя из размеров, распределения полезных компонентов и строения.
