Шалқия полиметалл кендерінің кен орны стратиформды болып табылады және жоғарғы девонның фамен деңгейіндегі жыныстарда жатыр. Құрылымдық жағынан кен орны тектоникалық ақаулармен асқынған құлаған синклинальды қатпарға орналастырылған. Негізгі жыныстар: қабаттасқан алевролиттер, лай тастар және доломиттер. Дәстүрлі жіктеу бойынша кен орны пайдалы компоненттер мен құрылымның мөлшеріне, таралуына қарай II күрделілік тобына жатады.
